In einer Rede an der Universität Regensburg zitierte der Papst den byzantinischen Kaiser Manuel II. aus dem 14. Jahrhundert und sorgte damit in der islamischen Welt für scharfen Protest: "Zeig mir doch, was Mohammed Neues gebracht hat und da wirst du nur Schlechtes und Inhumanes finden wie dies, dass er vorgeschrieben hat, den Glauben, den er predigte, durch das Schwert zu verbreiten".

Die Reaktionen in Teilen der islamischen Welt waren heftig: Im Westjordanland brannten christliche Kirchen; in Indonesien riefen Demonstranten "Kreuzigt den Papst"; im Irak wurde eine Papstpuppe angezündet; in Somalia erschossen Unbekannte eine Nonne; Al Kaida droht gar via Internet mit Vergeltung.

Schnell war Papst Benedikt um Deeskalation bemüht. In Rom auf dem Petersplatz sagte er: "Dieses Zitat war leider dazu geeignet, missverstanden zu werden. Für den aufmerksamen Leser meines Textes aber wird klar, dass ich mir in keiner Weise die negativen Worte des mittelalterlichen Kaisers zu eigen machen wollte - und dass deren polemischer Inhalt nicht meine persönliche Überzeugung ausdrückt." Daraufhin beruhigte sich die muslimische Welt wieder einigermaßen.